OpenAIRE per Covid-19

Per supportare gli sforzi della comunità scientifica nell’affrontare l’attuale pandemia da COVID-19, la Commissione europea ha invitato alla collaborazione OpenAIRE e altre iniziative dell’European Open Science Cloud (EOSC).

In particolare OpenAIRE sta realizzando, in sinergia con altre iniziative europee come ELIXIR e RDA, un COVID-19 Open Research Gateway in cui raccoglierà in modo automatico tutti i prodotti della ricerca relativi a COVID-19 (dati clinici, epidemiologici, articoli scientifici, software, metodologie, ecc) nell’ottica di fornire un unico punto di accesso a tutte le risorse rilevanti. Il gateway sarà lanciato per la fine di aprile.

OpenAIRE ha inoltre istituito in Zenodo uno spazio dedicato per depositare in modo immediato i risultati della ricerca relativi a COVID-19 (articoli, dataset, software, ecc).

La community è attualmente curata da un gruppo di persone che lavorano per OpenAIRE, tuttavia, è aperta una Call for experts del settore medico/biomedico ma non solo, che possano contribuire a curare la collezione in Zenodo e supportare la selezione delle fonti per l’Open Research Gateway COVID-19.

CORD-19

In risposta alla pandemia di COVID-19, l’Allen Institute for AI ha collaborato con alcuni importanti gruppi di ricerca per preparare e distribuire il COVID-19 Open Research Dataset (CORD-19), risorsa gratuita che ad oggi archivia oltre 45.000 articoli accademici, di cui oltre 33.000 con testo completo, e relativi dati, su COVID-19, SARS-CoV-2 ed i coronavirus in generale.

Questo database viene aggiornato settimanalmente, man mano che nuovi articoli vengono revisionati e pubblicati su riviste scientifiche e man mano che nuovi preprint vengono caricati su bioRxiv, medRxiv ed altri archivi ad accesso aperto.

Sul sito è possibile sia fare delle ricerche tramite il CORD-19 Explorer (abbastanza semplice, nella pagina è presente anche un elenco di strumenti che permettono una ricerca più estensiva) sia scaricare localmente tutto il set di dati per fare data e text mining, principale attrattiva del sito.

LitCovid

Questa settimana segnaliamo LitCovid, una piattaforma creata per raggruppare tutta la letteratura scientifica sul nuovo Coronavirus pubblicata su PubMed.

LitCovid è una risorsa creata dal National Center for Biotechnology Information della National Library of Medicine che, al momento, fornisce l’accesso a più di 1260 articoli di ricerca e viene aggiornata quotidianamente.

La piattaforma ha una funzione di ricerca più sofisticata rispetto alle altre risorse esistenti riuscendo ad identificare circa il 35% in più di articoli pertinenti rispetto alle ricerche convenzionali basate su parole chiave come “COVID-19” o “nCoV”. 

Un altro valore aggiunto di LitCovid è che gli articoli sono classificati per argomento (panoramica generale, meccanismi della malattia, dinamiche di trasmissione, trattamenti, case report e previsione epidemica)  e/o per posizione geografica in modo da poter avere anche una visualizzazione di dove viene prodotta la ricerca.

Ricordiamo anche che la quasi totalità degli editori scientifici ha aderito alla richiesta del Wellcome trust di rendere tutta la ricerca scientifica su questo argomento liberamente accessibile

 

Nuova piattaforma per preprint sul nuovo coronavirus

L’emergenza scaturita dalla diffusione del COVID-19 ha fatto sì che la comunità scientifica mondiale abbia da subito sentito la necessità di condividere rapidamente dati e risultati preliminari rilevanti al contrasto di questa epidemia.

Come risultato di questa esigenza di una pubblicazione e condivisione immediate, sono aumentati in modo esponenziale i preprint (pubblicazioni che non hanno ancora passato la peer review).

Il Wellcome Trust, riconoscendo il valore che hanno questo tipo di pubblicazioni, ha collaborato con Outbreak Science e PREreview all’apertura di una piattaforma di open peer review, Outbreak Science Rapid PREreview, alla quale possono collaborare attivamente i ricercatori che hanno un ID ORCID facendo la open peer review. Sulla piattaforma si trovano i preprint caricati sui tre principali archivi ad accesso aperto medRxiv, bioRxiv e arXiv. Le recensioni sono aperte e possono essere inviate in forma anonima.

I rischi della rapida diffusione della ricerca sul coronavirus

Segnaliamo un articolo, pubblicato sul sito dell’agenzia di stampa Reuters, che fa un’interessante analisi sui rischi legati alla rapida diffusione dei risultati della ricerca, e in particolare sul ruolo dei pre-print e dei social media in un momento come quello attuale segnato dall’emergenza coronavirus che richiede che l’informazione sia condivisa rapidamente e liberamente.

Reuters ha analizzato lavori recuperati da Google Scholar e pubblicati su tre server di preprint: bioRxiv, medRxiv e ChemRxiv. Dei 153 studi identificati, circa il 60% era costituito da preprint, di cui gran parte sono studi rigorosi e utili, ma alcuni mancano di rigore scientifico e sono stati ritirati non prima però di essere stati condivisi sui social media e lanciati da varie agenzie di stampa. Questa pratica, quando ha coinvolto lavori in seguito mostratisi errati, ha contribuito a far crescere la disinformazione e di conseguenza ad alimentare la paura.

Un esempio è stato un lavoro che indicava alcune somiglianze definite “inquietanti” tra il nuovo coronavirus e l’HIV.  Il lavoro, aspramente criticato dagli scienziati di tutto il mondo, è stato rapidamente ritirato ma era già apparso in più di 17.000 tweet e rilanciato da 25 agenzie stampa.

Proprio alla luce di questi episodi BioRxiv ha ora aggiunto un avvertimento per ogni nuova ricerca sul coronavirus in cui evidenzia che si tratta di rapporti preliminari che non sono stati sottoposti a peer-review e pertanto non dovrebbero essere considerati definitivi, guidare la pratica clinica o essere riportati dai media come informazioni certe.

L’articolo impone una riflessione sull’uso che è stato fatto dei preprint in questa situazione che, complice la pressione per comunicare le scoperte in tempo reale, ha portato ad un loro uso errato dando in pasto all’informazione pubblica notizie successivamente rivelatesi sbagliate e contribuendo in questo modo all’attuale infodemia.